El Examen Médico Nacional pertenece a ASOFAMECh, que delega su administración en el Director del EMN. Este cuenta con la asesoría de un Consejo de Directores, con quienes se discuten los aspectos conceptuales del examen. El Consejo de Directores está formado por los directores de las Carreras de Medicina miembros de ASOFAMECh.

Las decisiones que afecten al contenido del EMN, tales como los temas cubiertos por el examen, o la proporción de preguntas de cada tema, deben ser tomadas por el Consejo de Directores. El Director cuenta con la asesoría de un Consejo Estadístico para efectos de escalas de puntaje, análisis de resultados y diseño del examen.

Las preguntas son creadas autónomamente por todas las escuelas asociadas, quienes las envían de acuerdo a un calendario. La revisión de las preguntas es realizada al interior del EMN y está a cargo de dos comités especializados:

a) El Comité Técnico, a cargo de asegurar la calidad técnica y formal de las preguntas.
b) El Comité de Contenidos, que asegura que el contenido de las preguntas se ajuste a los perfiles de conocimientos aceptados y al estado actual de la especialidad.